Для того, чтобы постоянно не лазить в документацию я вырезал оттуда картинку платы:

На самом деле — всё очень просто:

Рядом с аналоговыми портами — порты питания.
Остальное — это всего-лишь блок питания и преобразователь уровней для общения с COM-портом.
Таким образом, можем просто сопоставить порты микроконтроллера и Arduino/Freeduino:





Обратите внимание, что данные схемы годятся только для МК в DIP-корпусе.
Эти картинки потом очень пригодятся ;)

UPD в продолжение темы: Стикер для микроконтроллера

Ссылки:
http://www.arduino.cc/en/Hacking/PinMapping168