Загрузить прошивку в МК AVR семейства Mega (а именно такой стоит в ардуине) можно разными способами(тремя видами программаторов):
Последовательным программатором по интерфейсу SPI
Через интерфейс JTAG
Параллельным (“высоковольтным”) программатором
Теперь по порядку.
(
Читать дальше
)