Компания FTDI изменила методы борьбы с поддельными чипами.
Если раньше, вы просто устанавливали драйверы штатными средствами Windows, то теперь, новые драйверы поставляются в виде exe и при инсталляции вы принимаете лицензионное соглашение, в котором содержится интересный пункт:

1.5 Use of the Software as a driver for, or installation of the Software onto, a component that is not a Genuine FTDI Component, including without limitation counterfeit components, MAY IRRETRIEVABLY DAMAGE THAT COMPONENT

Это означает, что FTDI не рекомендует использовать это программное обеспечение с поддельными компонентами, т.к. это может привести к повреждению этих компонентов.

Фактически, скачав свежие драйвера (самостоятельно или через Центр обновления), пользователь рискует, что после первого удачного подключения устройства — драйверы сбрасывают правильный PID равный 6001 на 0000. Что приводит к тому, что операционная система больше не может распознать устройство.

Рекомендованное лечение: поставить старые драйвера 2.08.14 (или ранние), прописать правильный PID (по возможности заблокировав его на запись), в дальнейшем не обновлять драйверы FTDI.

Так же, возможно поставить старые драйвера 2.08.14, заменить в inf файлах PID_6001 на PID_0000.
Принудительно указать установку драйверов из директории с модифицированными inf-файлами.
После появления устройства, можно поставить фирменную утилиту FTDI для прописывания PID (FT_PROG, MProg — EEPROM Programming Utility) и заново прошить в чип правильный PID 6001.

UPD 2014-10-24: Заявление от FTDI — FTDI Post

UPD 2016-01-28
В последней версии драйверов, FTDI продолжает бороться с подделками.
При этом VID и PID не меняются, но при попытке записи любых данных в порт — на выходе получается: NON GENUINE DEVICE FOUND!.
Решение:
1. скачать CDMUninstaller
2. Отключить обновление драйверов:
Контрольная панель > System and Security > System > Advanced system settings > Hardware tab > Device Installation Settings.
Выбрать “No, let me choose what to do” и “Never install driver software from Windows Update”.
3. Запустить CDMUninstallerGUI, щёлкнуть “Add” для добавления устройств в список и щёлкнуть “Remove Devices”, что удалит драйверы FTDI из системы.
4. Перезагрузить ПК.
5. Открыть Диспетчер устройств, найти FT232 USB UART и установить старые драйвера вручную.

Ссылки
FTDI наносит ответный удар
Новый уровень китайских поддельных микросхем — FT232RL
странности с драйверами на ft232rl
Воскрешаем FTDI в картинках
FTDI drivers

По теме
Делаем ISP-программатор из Arduino