http://www.youtube.com/watch?v=BQOji4i4PEc

Обычно, чтобы управлять моторчиком при помощи контроллера Arduino, используется драйвер двигателей.
Самые популярные варианты — это микросхема L293D (чаще всего используется в мотор-шилдах) или для двигателей помощнее — L298.
Однако, поуправлять мощными коллекторными двигателями постоянного тока можно и при помощи спаренного реле-модуля.

Подключение двигателя к реле:
Реле-модуль имеет 3 выхода:
NO (Normally open — нормально разомкнутый), COM (Common — общий), NC (Normally closed — нормально замкнутый).

Контакты двигателя подключаются к общим контактам реле (COM).
Плюс питания батарейки — подключаем к нормально разомкнутым контактам реле (NO), а минус к нормально замкнутым контактам реле (NC).
Теперь, соответствующим образом включая-выключая реле мы сможем реализовать полный мост управления двигателем.

Полномостовая схема управления колллекторным мотором постоянного тока на реле:

Подключение спаренного реле-модуля к Arduino:
Arduino 5V pin — VCC pin спаренного реле-модуля,
Arduino GND pin — GND pin спаренного реле-модуля,
Arduino 7 pin — IN1 спаренного реле-модуля,
Arduino 8 pin — IN2 спаренного реле-модуля.

Код:

#define CW 7 // CW is defined as pin #7
#define CCW 8 // CCW is defined as pin #8

void setup() {
  pinMode(CW, OUTPUT); // Set CW as an output
  pinMode(CCW, OUTPUT); // Set CCW as an output
}

void loop() {
  // Motor runs clockwise
  digitalWrite(CW,HIGH);
  delay(1000); // for 1 second

  // Motor stops
  digitalWrite(CW, LOW);

  // Motor runs counter-clockwise
  digitalWrite(CCW, HIGH);
  delay(1000); // for 1 second

  // Motor stops
  digitalWrite(CCW, LOW);
}

Ссылки
DIY: Relay switch motor controller — Arduino

По теме
Как с помощью Arduino/CraftDuino можно управлять устройствами на 220В
Практическое программирование Arduino/CraftDuino — драйвер двигателей L293D
Простой мотор-шилд для Arduino/CraftDuino
Сборка мощного моторшилда (на базе L298)
Arduino, термины, начало работы
КМБ для начинающих ардуинщиков
Состав стартера (точка входа для начинающих ардуинщиков)