Теперь о том, почему я так загонялся на тему сбоев при прошивке.
Дело в том что в памяти атмеги есть ячейки отвечающие за параметры конфигурации всего МК — фьюз-биты.

Про фюз-биты, как обычно, можно почитать у ДиХальта.
От себя добавлю что фьюз биты МК Atmega8 расположены в два байта – старший фьюз-байт (high _fuses) и младший фьюз-байт ( low_fuses)
А у Atmega168 есть ещё и дополнительный фьюз-байт(extended_fuses)

Если при программировании МК произойдёт сбой, то с некоторой долей вероятности (у меня пару раз было =) в эти ячейки может залезть мусор, что приведёт к галюцинированию или неработоспособности.
Шьются они специальными командами по 3 байта каждая+1байт данных (“куда писать”+”что писать”) т.е. вероятность, что помеха совпадёт именно с одной из них невелика, однако при прошивке ненадёжным программатором (или в условиях сильных помех) непосредственно фьюз-битов, вероятность попадания в них хлама существенно возрастает (мы сами подаём команду на запись фьюзов и если она каким-то чудом прорвалась сквозь наводки то данные похерить проще (они могут быть произвольными) и МК с радостью схавает шум эфира)

Наиболее неприятные фьюзы:

Ячейка RSTDISBL
при записи в неё “0” превращает вывод резет в обычную ногу и
прошить МК по SPI будет уже невозможно (вначале программирования необходимо “прижать к земле” RESET – подать “0”)

Ячейка SPIEN
при записи в неё “1” запрещено программирование по SPI. Пишут что при
программировании по последовательному каналу данная ячейка недоступна, так что нам вроде не грозит, однако проверять нехочется=)

Ячейки CKOPT и CKSEL
отвечают за тактирование МК и могут встать в такую позу, что
контроллер будет ждать внешнего тактового сигнала или не сможет раскачать ваш кварц.

Первое и второе лечится только параллельным программатром (может и JTAG поможет)
Второе лечится “тактированием от пальца” (мне пару раз помогло=). Тыкаете в XTAL1 (у атмеги8 — 9 нога) иголкой (или отвёрткой неизолированной) и шьёте как обычно — через SPI (может не с первого раза получится =) – можно, конечно использовать внешний генератор, но это если он есть или его не лень сделать =)
Сбои при программировании остальных фьюзов, лок-битов (биты отвечающие за защиту прошивки) и самого бутлоадера могут доставить неприятности лечимые простой (через SPI) перепрошивкой.

Процесс прошивки бутлодера состоит из четырёх этапов:

Разблокирование секции загрузчика вообще-то, по умолчанию, вся память атмеги и так
доступна для чтения/записи.

Установка фюз-битов — настраивает МК на работу в ардуине.

Прошивка собственно бутлодера

Запись лок-битов, защищающих секцию загрузчика от самостоятельной перезаписи (в общем случае бутлоадер может модифицировать или вообще сносить сам себя)

Настройки процесса прошивки бутлодера и значеня фьюз- и лок-битов можно просмотреть в arduino-0015\hardware\boards.txt в соотвествующей нашему МК секции (atmega8.bootloader)

atmega8.bootloader.programmer (по умолчанию: stk500) протокол используемый бутлодером.

atmega8.bootloader.path(по умолчанию: atmega8 ) путь где файл бутлодера лежит

atmega8.bootloader.file(по умолчанию: ATmegaBOOT.hex) собственно, сам бутлоадер

Теперь самое интересное:

atmega8.bootloader.unlock_bits (по умолчанию: 0x3F) значение записываемое в лок-байт для разблокирования секции бутлодера. Сбрасывает все лок-биты в 1 т.е. разрешаем любые изменения секции прикладной программы и бутлаодера.

atmega8.bootloader.high_fuses (по умолчанию: 0xCA) значение записываемое в старший фьюз-байт.

atmega8.bootloader.low_fuses (по умолчанию: 0xDF) значение записываемое в младший фьюз-байт

atmega8.bootloader.lock_bits (по умолчанию:0x0F) значение записываемое в лок-байт для блокирования секции бутлодера — запрещается запись/чтение секци бутлоадера (программатором конечно можно, но ни агрессивный скетч ни суицидально настроенный бутлоадер не смогут=)

Рассмотрим что же именно пишется во фьюз-биты МК:

Atmega8

Младший фьюз-байт

BODLEVEL   1 порог срабатывания схемы BOD 2.7В
BODEN      1 но BOD у нас запрещён=)
SUT1       0 эта пара определяет длительность задержки сигнала RESET после включения 
SUT0       1 питания - 16тыс тактов (при 16МГц кварце это 1с) 
CKSEL3     1 эти фьюзы
CKSEL2     1 определяют тип 
CKSEL1     1 тактирования
CKSEL0     1 – кварцевый резонатор >1МГц

Старший фьюз-байт

RSTDISBL   1 ножка RESET – резет
WDTON      1 таймер вочдог – запускается программно
SPIEN      0 шить через ISP можно 
CKOPT      0 совместно с CKSEL3...0 определяет что усилитель тактового сигнала включен 
EESAVE     1 команда “стереть кристалл” стирает также EEPROM 
BOOTSZ1    0 размер секции 
BOOTSZ0    1 загрузчика 512байт
BOOTRST    0 вектор начального сброса находится в начале секции загрузчика - 
             МК при включении питания первым делом запустит бутлоадер 

Atmega168

Старший фьюз-байт

RSTDISBL   1 ножка RESET – резет
DWEN       1 работа отладчного интерфейса DebugWire запрещена
SPIEN      0  шить через ISP можно
WDTON      1  таймер вочдог – запускается программно
EESAVE     1 команда “стереть кристалл” стирает также EEPROM 
BODLEVEL2  1 порог срабатывания 
BODLEVEL1  0 схемы BOD
BODLEVEL0  1  = 2,7В

Младший фьюз-байт

CKDIV8     1  делитель тактового сигнала выключен
CKOUT      1  Выходной буфер системного тактового сигнала отключен от вывода МК
SUT1       1  эта пара определяет длительность задержки сигнала RESET после вкл.питания
SUT0       1  - 16тыс тактов+14тактов +65мс (при 16МГц кварце это немного больше 1с)
CKSEL3     1  эти фьюзы
CKSEL2     1  определяют тип
CKSEL1     1  тактирования
CKSEL0     1  - кварцевый резонатор >8МГц

Дополнительный фьюз-байт

-
-
-
-
-
BOOTSZ1    0  1024байта размер 
BOOTSZ0    0  секции бутлоадера
BOOTRST    0  вектор начального сброса находится в начале секции загрузчика - МК при  
              включении питания первым делом запустит бутлоадер

Ссылки
AVR. Учебный Курс. Конфигурация FUSE бит
AVR Fuse Calculator

По теме
Arduino/CraftDuino и WinAVR — программируем на чистом С
Делаем ISP-программатор из Arduino